Kawasan Kebun Raya Mangrove Gunung Anyar ini terbagi menjadi dua bagian, yaitu sisi kiri dan kanan. Pada sisi kiri adalah bagian sungai dan bagian kanan adalah daerah tempat fasilitas yang bisa digunakan.
Terdapat jogging track sepanjang 20 meter yang terbuat dari bambu dan disusun memanjang melintasi kawasan pohon bakau. Disepanjang jalur jogging ini juga telah dilengkapi tempat foto bagi pengunjung. Tempat foto ini berupa lingkaran bambu yang bisa digunakan untuk beristirahat. Selain itu mushola dan kantor DKPP juga terbuat dari bambu.
Di tempat ini juga ada gazebo yang terletak di tengah kawasan mangrove. Gazebo ini cukup unik karena terbuat dari bambu. Ukurannya sekitar 5x5 meter sehingga cukup nyaman digunakan untuk beristirahat. Pengunjung juga dapat menikmati berbagai acara yang akan disuguhkan serta juga dapat menggelar acara dengan mengantongi izin terlebih dulu
Pada ujung timur Kebun Raya mangrove di Surabaya ini terdapat menara pandang setinggi 12 meter yang bisa digunakan unuk melihat kawasan mangrove dari ketinggian. Namun, menara ini hanya bisa dinaiki maksimal lima orang.
